Dalam sel-sel tubuh, supaya kerja enzim tidak tumpang tindih maka diperlukan pengaturan kerja enzim. Pengaturan ini dilakukan dengan tujuan menjamin supaya enzim hanya bekerja ketika dibutuhkan. Ada empat mekanisme pengendalian aktivitas enzim, yaitu sebagai berikut.
a. Pengaturan alosterik
Suatu enzim alosterik ialah enzim yang aktivitasnya diatur oleh senyawa yang berikatan secara reversible pada bagian yang bukan sisi aktif enzim. Karena berikatan pada permukaan yang bukan sisi aktif. struktur senyawa tidak harus mirip dengan substrat.
b. modifikasi kovaIen
Pengaturan akitivitas enzim dengan modifikasi kovalen yaitu menambahkan gugus fosfat pada suatu enzim atau biasa disebut fosforilasi. Adanya fosforilasi enzim ini akan engubah konformasi (bentuk) dan permukaan sisi akitif enzim sehingga mampu berfungsi dalam proses katalisis. Pengaturan ini bersifat reversible. artinya ketika enzim sudah tidak dibutuhkan, fosfat pada enzim dapat dihilangkan sehingga menyebabkan enzim tersebut inakitif. Contohnya, enzim glikogen fosforilase.
c. Proteolisis terbatas
Pengaturan aktivitas enzim dengan jalan pemotongan rantai polipeptidanya. Enzim-enzim ini biasanya disintesis oleh sel dalam keadaan yan tidak aktif. contohnya pepsinogen, kemotripsinogen, dan tripsinogen atau biasa disebut dengan zimogen atau praenzim. Setelah disekresi. Enzim-enzim ini diaktifkan dengan jalan memotong beberapa asam amino pada ujung enzim itu sendiri. Pemotongan ini menyebabkan enzim menjadi aktif.
d. Pengaturan pembentukan dan turnover entzim
Pengaturan enzim dengan jalan peningkatan atau pengurangan kecepatan sintesis atau penguraiannya. Ketika sel-sel tubuh aktif melakukan metabolisme enzim akan dibentuk untuk mengimbangi aktvitas tersebut. Sebaliknya, jumlah enzim akan berkurang pada saat sel dalam keadaan tidak aktif.