Tumbuhan biji memiliki bunga. Bunga pada tumbuhan biji berfungsisebagai alat reproduksi generatif. Di dalam bunga terdapat alat kelamin jantan dan betina. Alat kelamin jantan pada bunga tumbuhan biji terdiri atas sejumlah benangsari (stamen).Benangsari memiliki kepala sari (anthera) yang letaknya di ujung tangkai sari (filamen). Dalam kepala sari terdapat satu atau lebih ruang sari (teka) yang merupakan tempat terbentuknya serbuk sari (pollen). Serbuk sari inilah yang disebut gamet jantan. Alat kelamin betina (putik) dapat tersusun atas bakal buah (ovarium), tangkai putik (stillus), dan kepala Putik (stigma). Bakal buah inilah pada tumbuhan biji sebagai tempat terdapatnya bakal biji. Bakal buah tumbuhan biji terletak pada dasar bunga (reseptakel)dan bentuknya menggelembung.
Di dalam bakal biji, terdapat sel telur yang merupakan gamet betina. Tangkai putik adalah suatu saluran sempit untuk melewatkan serbuk sari ketika terjadi proses pembuahan. Fungsi tangkai putik adalah untuk menyokong kepala putik. Kepala putik adalah bagian paling atas dari putik. Pada umumnya kepala putik lengket dan berambut, karena merupakan tempat melekatnya serbuk sari ketika terjadi penyerbukan.
a. Pembentukan Sel Kelamin jantan dan Betina Tumbuhan Biji
Di dalam ruang sari, terdapat sel induk mikrospora diploid. Sel induk mikrospora membelah secara meiosis dan menghasilkan empat sel mikrospora haploid. Setiap sel mikrospora haploid akan membelah secara mitosis dan menghasilkan dua inti, yaitu inti generatif dan inti vegetatif. Ketika bunga sudah dewasa, maka ruang sari akan pecah dan serbuk sari akan keluar dan jatuh di atas kepala putik. Di dalam bakal biji, terdapat sel induk megaspora diploid. Sel induk megaspora bermeiosis menghasilkan empat sel haploid. Dari empat sel tersebut, hanya satu yang hidup menjadi sel megaspora. Sel megaspora kemudian mengalami tiga kali mitosis menghasilkan delapan inti haploid. Enam inti akan berkembang menjadi enam sel haploid. Selanjutnya, tiga sel bergerak ke kutub antipoda dan tiga sel lainnya bergerak ke kutub mikrofil. Dua inti yang tersisa bergerak ke bagian tengah bakal biji. Dua inti ini melebur menjadi satu inti polar diploid. Tiga sel yang terdapat di kutub antipoda disebut sel-sel antipoda. Tiga sel yang terdapat pada kutub mikrofil terdiri atas satu sel telur dan dua sel sinergid.
b. Penyerbukan pada Tumbuhan Biji
Tumbuhan biji ketika bunganya sudah dewasa, ruang sari akan pecah dan serbuk sari keluar dari ruang sari. Kemudian, serbuk sari jatuh di atas kepala putik. Peristiwa jatuhnya atau menempelnya serbuk sari di atas kepala putik disebut penyerbukan (polinasi). Berdasarkan asal serbuk sari, maka penyerbukan dapat dibagi menjadi tiga, yaitu penyerbukan sendiri (autogami), penyerbukan tetangga (geitonogami), dan penyerbukan silang (allogami). Autogami terjadi bila serbuk sari dan putik berasal dari satu bunga yang terdapat pada satu tanaman. Tumbuhan padi dan kedelai merupakan contoh tumbuhan yang melakukan autogami. Geitonogami terjadi bila serbuk sari dan putik berasal dari bunga lain yang berada pada satu tumbuhan. Contoh geitonogami adalah pada tumbuhan jagung. Allogami terjadi bila serbuk sari dan putik berasal dari bunga lain yang sejenis, contoh penyerbukan allogami adalah tumbuhan pepaya dan salak.
c. Pembuahan pada Tumbuhan Biji
Pembuahan adalah proses peleburan antara inti sel kelamin jantan dan betina. Ketika serbuk sari telah jatuh di atas kepala putik, inti generatif akan bermitosis membentuk dua inti generatif. Inti generatif akan membentuk tabung serbuk sari yang bergerak sepanjang tangkai putik. Kedua inti generatif bergerak mengikuti di belakangnya. Setelah sampai di kandung lembaga, satu inti generatif akan membuahi sel telur dan membentuk zigot diploid. Satu inti generatif lainnya akan membuahi inti polar membentuk inti kandung lembaga sekunder yang triploid. Inti kandung lembaga sekunder akan berkembang menjadi jaringan endosperma yang merupakan cadangan makanan untuk calon tumbuhan baru. Jadi, pada tumbuhan berbiji tertutup, terjadi dua kali pembuahan sehingga disebut pembuahan ganda.